背面は、左側上部にモデムスロットがあります。その下は左側からテンキーボード用コネクタ、マウスポート、RS-232Cコネクタ、プリンタポート、その右側に拡張バスとなっています。PC-9801Nでは拡張バスまで含めて1枚のフタでしたが、PC-9801NSはフタが中央で2分割されたことで壊れづらくなりました。なお、拡張バスの上にはバッテリパックを装着できます。
